反渗透设备正常运行后，其预处理工艺设计可以去除原水中带来的污染物质，但并不能全部去除，所以反渗透系统污染现象很普遍。反渗透膜元件会受到给水中可能存在的悬浮物或难溶盐的污染，这些污染中最常见的是碳酸钙沉淀、硫酸钙沉淀、金属(铁、锰、铜、镍、铝等)氧化物沉淀、硅沉积物、无机或有机沉积混合物、NOM天然有机物质、合成有机物(如：阻垢剂/分散剂，阳离子聚合电解质)、微生物 (藻类、霉菌、真菌)等污染。

污染性质和污染速度取决于各种因素，有时候操作失误会造成膜的污染，如回收率太高或加药系统不正常等。通常污染是渐进发展的，如不尽早控制，污染将会在相对较短的时间内损坏膜元件。当膜元件确认已被污染，或是在长期停机使用之前，或是作为定期日常维护，建议对膜元件进行清洗。